Hallo und herzlich willkmmen im Forum!
Sehr ärgerliche Dinge. 
Wenn ich das richtig sehe hast du ein Panoramadach. Das Problem ist die Dichtung zwischen Scheibe und Dach, das Problem ist bekannt und hatten einige hier, so auch ich.
Es gab aber meist nur das Problem, dass sich die Dichtung gelöst hat und im Wind flatterte und damit Windgeräusche verursacht hat. Wassereinbruch ist mir persönlich eher unbekannt.
Kam aber eher alles bei älteren Modellen vor, bei den neueren Fahrzeugen sind mir eigentlich keine Klagen diesbezüglich mehr bekannt.
Um es letztlich gerade bei Wassereinbruch ordentlich und richtig zu lösen das Problem müsste normalerweise die Frontscheibe raus, die Dichtung erneuert und ordentlich verklebt werden.
Du kannst weiterhin auch prüfen, ob in der linken Ecke der Frontscheibe von außen die Fahrgestellnummer gut zu lesen ist, es gab auch Serien, in denen die Frontscheibe 2cm zu tief bei Ausstattung mit Glasdach eingebaut wurde.
Ist aber wie geschreiben auch schon eine Weile her.
Zum Kratzer kann hier wohl niemand was objektiv beitragen denke ich, das musst du mit der Werkstatt klären.
Die Flecken könnten vom verwendeten Dichtmittel stammen, ist aber als Ferndiagnose auch nur Spekulation.
Sauer kannst du auf Renault wegen der Dichtung und auf die Werkstatt sein. Wobei letztere scheinbar laut deiner Beschreibung noch mehr versaut hat.
